사업자단위과세｜여러 사업장을 하나의 사업자로 관리하는 방법

여러 사업장을 하나로 관리할 수 있는 사업자단위과세 제도를 정리했습니다. 세금계산서 발행 유의사항과 함께, 볼타에서 자금 흐름과 거래를 한 계정에서 효율적으로 관리하는 방법을 확인하세요.

Nov 23, 2025

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여러 사업장을 운영하다 보면 본점과 지점 간 거래 관리가 복잡해집니다.
각 사업장에서 세금계산서를 따로 발행하고, 부가가치세를 각각 신고해야 하기 때문이죠.
이런 번거로움을 줄이기 위해 도입된 제도가 바로 사업자단위과세 제도입니다.

1. 사업자단위과세 제도란?

사업자단위과세는 본점과 지점 등 둘 이상의 사업장을 가진 사업자가 하나의 사업자등록번호로 부가가치세를 신고하고 납부할 수 있도록 하는 제도입니다.

즉, 모든 세금계산서 발행과 부가세 신고를 주사업장(본점)에서 일괄 처리할 수 있는 구조입니다.

적용 대상: 일반과세자, 간이과세자, 공동사업자
신청 불가: 면세사업자 (단, 과·면세 겸업사업자는 가능)
신청 시기:
- 신규사업자: 사업 개시일 전후 20일 이내
- 기존사업자: 과세기간 개시 20일 전까지
- 포기신고: 과세기간 개시 20일 전까지 세무서 제출
신청 방법: 홈택스에서는 불가하며, 반드시 주사업장 관할 세무서 방문 접수

이 제도를 적용하면 세금계산서 발행, 부가세 신고·납부까지 모두 본점에서 관리할 수 있습니다.

유사한 개념으로 혼동되는 제도가 주사업장총괄납부 제도입니다.
두 제도 모두 주사업장에서 세금을 총괄 관리하지만, 세금계산서 발행 여부에서 큰 차이가 있습니다.

즉, 사업자단위과세는 세무 관리 효율성을 높여주지만, 지점 단위의 상세 매출 흐름을 구분해 관리하기는 어렵습니다.

사업자단위과세 제도를 적용받더라도, 지점에서 발생한 매출을 본점 명의로 발행할 때는 몇 가지 주의가 필요합니다.

지점(종사업장)에서 발생한 매출의 세금계산서를 발행할 경우 비고란에 해당 종사업장의 상호와 주소를 반드시 기재해야 합니다.
이는 부가가치세법상 요구되는 사항으로, 누락 시 지점별 매출 구분이 불가능해집니다.
종사업장번호(4자리 코드)
지점별 구분을 위해 부여되는 번호이며, 세금계산서 발행 시 사업자등록번호 옆 또는 비고란에 입력할 수 있습니다.
필수 입력은 아니지만, 지점별 내역을 명확히 관리하기 위해 입력하는 것이 좋습니다.
매입세액공제 가능 여부
종사업장에서 구매한 재화·용역에 대해 주사업자 사업자번호로 발급받은 세금계산서는 실제 거래 사실과 일치한다면 매입세액공제가 가능합니다.
작성일자 규칙
거래일 기준으로 입력해야 하며, 미래 날짜로 설정할 수 없습니다.
작성일자와 공급일자가 불일치할 경우 과세기간 오류가 발생할 수 있습니다.

사업자단위과세는 행정 절차를 단일화하지만, 여러 사업장의 현금 흐름과 매출 현황을 한눈에 관리하기는 어렵습니다.

본점에서 모든 거래를 관리하더라도, 실제 현장에서는 지점별 담당자, 거래처, 입금 내역이 흩어져 있기 때문입니다.
결국 각 지점의 데이터를 엑셀로 모아 합산하는 수작업이 반복됩니다.

볼타는 세금계산서·입출금 데이터를 자동 통합 관리할 수 있습니다.

세금계산서 발행 간소화
홈택스 로그인 없이 발행 가능하며, 반복·예약발행 기능으로 정기 거래도 자동 처리됩니다.
법인계좌 연동으로 현금 흐름 자동화
연결된 계좌의 입출금 내역이 세금계산서와 자동 매칭되어 거래처별 수금·지급 상태를 즉시 확인할 수 있습니다.
라벨·메모 기능으로 사업장 구분 관리
세금계산서에 ‘지점명’, ‘담당자명’, ‘거래유형’ 등 라벨을 지정해 동일 사업자번호 내에서도 사업장별 내역을 구분할 수 있습니다.

즉, 사업자번호는 하나지만 볼타에서는 라벨 기반의 분류로 지점별 흐름을 시각적으로 관리할 수 있습니다.

사업자단위과세 제도는 세무 행정의 단일화를 제공합니다.
여기에 볼타를 더하면, 운영과 데이터 관리까지 하나로 연결됩니다.

하나의 계정에서 세금계산서 발행, 입출금 내역, 거래처별 현금 흐름을 모두 정리할 수 있습니다.
제도의 편의성과 실무의 효율성을 함께 얻는 가장 실질적인 방법입니다.